自治区水库移民工作管理局的主要职能有:
一)、贯彻落实国家和自治区水利水电工程移民工作的方针、政策和法律。根据自治区人民政府委托,起草全区水利水电工程移民工作配套性地方法规、规章和规范性文件草案。对全区水利水电工程移民工作履行指导、协调、监督、检查等职责。
(二)、负责全区水利水电工程移民开发中长期规划和计划工作。
(三)、负责全区水利水电工程移民搬迁安置和专项迁改建工程的管理工作。
(四)、负责全区水利水电工程移民遗留问题处理和生产开发工作。
(五)、负责全区水利水电工程移民资金管理工作。
(六)、负责全区水利水电工程移民统计工作。
(七)、负责全区水利水电工程移民干部培训工作。
(八、承办自治区人民政府和自治区人民政府办公厅及上级业务部门交办的其他工作。